Để bảo vệ hệ động vật, lãnh thổ trung tâm của khối núi Mercantour đã được vua Victor-Emmanuel II xếp vào loại Khu bảo tồn thú săn hoàng gia từ năm 1859, sau đó là khu bảo tồn thú săn năm 1946 theo 1 nghị định của tỉnh trưởng, và Khu bảo tồn năm 1953 theo nghị định của bộ trưởng.

Vườn quốc gia được thành lập năm 1979. Từ năm 1987, Vườn quốc gia này kết nghĩa với Vườn vùng lân cận "Parco naturale Alpi Marittime" trên đất Ý (trong khối núi Argentera). Hiện nay đang có kế hoạch nghiên cứu biến 2 Vườn này thành Vườn châu Âu.